سازمان برنامه در سه دهه گذشته هم دچار تغییراتی شد؛ از ادغام سازمان برنامه با سازمان استخدامی تا انحلال آن در زمان احمدی‌نژاد. در اسفند سال ۱۳۷۸ براساس تصمیم شورای عالی اداری، سازمان برنامه و بودجه با سازمان اداری و استخدامی ادغام شد و به سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی تغییر نام داد و عملا از سال ۱۳۷۹ کار خود را با نام جدید آغاز کرد.